audacious and lastfm on ubuntu

Tuesday, March 1. 2011
I was wondering why my lastfm song list didn't update. Found out it's audacious not scrobbling, because of missing plugin support.

Fix:


wget http://fly5.kapsi.fi/misc/misc/aud2scrob/lastfm.so
wget http://fly5.kapsi.fi/misc/misc/aud2scrob/scrobbler.so
mv lastfm.so scrobbler.so ~/.local/share/audacious/Plugins/


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connect a vncserver to a vnclient under linux

Thursday, November 25. 2010
I assume the vncserver and vncclient software is installed. Commonly used package is Xtightvncviewer. Computer A is running the vncclient and computer B the vncserver.

Tell computer A to start the client and listen to incoming server connections:


charlie@custodian:~$ vncviewer -listen
vncviewer -listen: Listening on port 5500
vncviewer -listen: Command line errors are not reported until a connection comes in.


In my case, computer A with vncclient running is behind a router, so I tell the router to forward connection 80
to my vncviewer port 5500.

I start a new vncserver on computer B:


charlie@***:~$ vncserver

New 'X' desktop is ***


I connect the vncserver with the vncclient with starting vncconnect on computer B:

vncconnect -display :1 ip:80


Have fun!

time for cleaning your filesystem

Thursday, November 18. 2010
I always wanted to remove duplicates on my filesystem. Here is a convenient program to do this for Linux: fslint
Included in Ubuntu and many more, otherwise you can find it here.

Have fun!

Apache password protection problems

Thursday, November 18. 2010
When I was trying to setup a basic password protection for BioMart I encountered two errors (from Apache):

configuration error: couldn't check user. No user file?: /
configuration error: couldn't check access. No groups file?: /


Solution, load the according modules for Apache:


LoadModule authn_file_module /usr/lib/apache2/modules/mod_authn_file.so
LoadModule auth_basic_module /usr/lib/apache2/modules/mod_auth_basic.so
LoadModule authz_user_module /usr/lib/apache2/modules/mod_authz_user.so

Expedition Zukunft - Science Express - Danke!

Wednesday, November 17. 2010




Es ist zwar schon ein Weilchen her, dass ich beim Science Express ausgeholfen habe, aber die Zeit bleibt mir bis jetzt sehr gut in Erinnerung. Danke für die Möglichkeit, es hat wirklich Spaß gemacht! Auch freue ich mich euren Blogeintrag gelesen zu haben.

Bis zum nächsten Mal :-)

Offlinedateien bei windows ein-/ausschalten

Wednesday, August 11. 2010
Das Häckchen zum Deaktivieren läßt sich nicht auswählen, dazu in der Registry Eintrag erstellen:

HKEY_LOCAL_MACHINE\ Software\ Policies\ Microsoft\ Windows\ NetCache
Erstellen Sie hier einen neuen Wert mit dem Namen "Enabled" als Datentyp REG_DWORD.

Setzen Sie den Wert auf:
1 Offlinedateien ist aktiv
0 Offlinedateien ist deaktiv

Die Beschreibung ist von dieser Seite.

Ubuntu 10.04 on Acer TravelMate 292LCi

Tuesday, August 3. 2010
I spent several hours finding out how to install Ubuntu 10.04 on my Acer TravelMate. With the Ubuntu Live CD the screen went blank after a while without reporting anything. After some googling this website helped.

Switch into grub's command line mode and enter:

live i915.modeset=1

It should now be able to load the Ubuntu's Live CD. Install the System.
After rebooting I changed the boot option by pressing 'e' and remove 'quiet splash' and replace it with 'i915.modeset=1'. Confirm changes with Ctrl-x. The system should now boot.

In the booted system I changed the value of 'GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT' to 'quiet splash i915.modeset=1'. Execute update-grub.

BOINC!

Tuesday, July 21. 2009

Recently I started doing BOINC again! It's definitly a good way to fight the idleness of servers. I'm running calculations of the Rosetta@Home project. Why not, sounds useful :-)

Just in case somebody struggles with BOINC and Linux command line stuff. Here is how to get the key to register for a project:
boinccmd --lookup_account http://boinc.bakerlab.org/ email@domain.com password

Protein structure prediction

Friday, May 8. 2009
bioinf


One of the major tasks in bioinformatics is the prediction of protein structures. In this case we have several DNA sequences (primary structure) and would like to know the secondary / third level structure for it. How can I do that?
After a first glimpse, reading the
Wikipedia article for it, I got the impression this field divides into two major groups:

Ab initio protein modelling
The group of methods which "just" uses physics and calculates the interaction between each atom to predict the whole structure of the molecule. This uses a vast amount of computational power, which is the reason for projects like Blue Gene or folding@home.

Comparative protein modelling
The group of methods which compares unknown protein sequences to protein sequences with known structure, assuming a similar behavior in folding. There a millions of different proteins but there seems to be a limited number of ways a protein can fold to. In other words the set of different tertiary structural motifs is limited.

Also one interesting method to get higher protein structures from known proteins is to use protein-protein docking algorithms.

There seems to be a bunch of software to do protein prediction. There is also a test for comparing these approaches and algorithms which is called CASP and takes place every two years. Looks like fun what these Russian guys at the prediction center do: Maths :-)

O2 vs. VoipDiscount !?

Monday, October 13. 2008
Wer von seinem Handy aus billig Anrufe ins Ausland tätigen will, kann das machen z.B. mit VoipDiscount:
das Prinzip ist einfach, von seinem Handy aus eine Festnetznummer im eigenen Land von VoipDiscount anrufen und wenn man verbunden ist, gibt man dann die eigentliche Nummer ein. Man zahlt also die Kosten aufs Festnetz + 1 c/min. (bei aktuellem Stand).
Jetzt kommt der Hacken, wenn man bei o2 ist: o2 sperrt einfach diese Festnetznummern, es klingelt nicht, rein gar nichts passiert. Daraufhin hab ich mal VoipDiscount geschrieben und sehr schnelle und hilfreiche Antwort bekommen:

====

We are sorry for the inconvenience you experienced. O2 keeps blocking our access numbers for unclear reasons. We are doing what we can to deal with these problems by opening new phone numbers, but so far they have just blocked those again too as soon as they track them down. Though the reasons remain unclear, we believe this is because they want their customers to use their services to make international calls instead of ours.

We have opened several new access numbers which will not appear on the site at this time. Please try using our services using the number below:

***

Please do not communicate this number to O2, as they will simply block the number again, making it impossible for you to make calls using our access numbers.

Once more, we apologize for any inconvenience caused.

Kind regards,

Customer Service

====

Wenn das nicht mal unlautere Mittel sind die Kundenrechnung hochzutreiben!

Chinareise: 18. Tag

Tuesday, September 30. 2008
Wieder mal was länger geschlafen und dann mit dem Bus in die Stadt und den Konfuziustempel besucht. Die vielen kleinen Gassen (Hutongs) in der Gegend sind auf alle Fälle auch sehenswert. Der Tempel an sicht ist architektonisch nicht sehenswerter als andere Tempel, aber das Museum zeigt den Werdegang von Konfuzius und seine die Ideen seiner Philosophie. Es gibt auch Konfuzius Institute in aller Welt, entsprechen quasi dem Goethe Institut für Deutschland, mit der Aufgabe Kultur und Sprache zu vermitteln.
Auf dem Rückweg habe ich es dann mal geschafft mit dem Bus zurückzufahren zum Campus, auch wenn ich zuerst wieder im Falschen saß, obwohl es die richtige Busnummer 919 war. Mir sagte dann ein Chinese, der wirklich gut englisch konnte, dass ich den Bus 919 mit den zwei Türen nehmen sollte, der fährt dorthin, wo ich hinwill. Weil ich wohl etwas unglaubwürdig guckte, wiederholte eine andere Chinesin, die auch sehr englisch konnte, dasselbe nochmal. Also ausgestiegen und in den Bus mit den zwei Türen eingestiegen und schon war ich nach 15 Min. da. Wer hätte das gedacht, dass man auf die Anzahl der Türen achten muss, um am richtigen Ort anzukommen? Aber andere Länder, andere Sitten :-)

Chinareise: 17. Tag

Monday, September 29. 2008
Postkarten verschickt, gar nicht so einfach, besonders weil heute ein Feiertag ist und nicht jede Post auf hat. Zum Glück kann bei der Post eine Angestellte ganz gut englisch, das hat ganz gut geklappt. War noch bei einem Teehaus, dort kann man sich gut entspannen, auch wenn mich die Leute kaum verstanden haben, habe ich einen Tee bekommen. Abends Badminton und Tischtennis mit Kommilitonen gespielt, im Tischtennis gehen die Chinesen gut ab! :-)

Chinareise: 16. Tag

Sunday, September 28. 2008
Besuch der großen Mauer bei Bandaling. Wir nehmen die Buslinie 919 und fahren ca. 1 1/2 Std. dorthin. Der Ort ist wie in meinem Reiseführer beschrieben kommerzialisiert und mit total überfüllt. Trotzdem ist es irgendwie witzig die ca. 2km auf der Mauer rumzukrakzeln. Alle paar Minuten legen Jungtao und ich eine Pause ein, weil die Steigung manchmal doch ziemlich extrem ist. Ich versuche am Geländer runterzurutschen, was auch fast klappt, wenn ich meine Hose nicht so durchgeschwitzt hätte :-) Also laufen... Abends dann essen in der Mensa für 4 Yuen. Naja, für immer will ich diese Gerichte auch nicht essen, aber die Auswahl ist zumindest größer als Jena.

Chinareise: 15. Tag

Saturday, September 27. 2008
Pause gemacht. Am Abend Malatang gegessen. Da sucht man sich selber Spieße aus auf denen verschiedenes Gemüse, oder auch Fleisch aufgespießt ist, gibt es der Frau am Schalter, die einen dann abkassiert ( bei mir 7 Yuen ) und wartet bis seine Nummer aufgerufen wird. Dann darf man sein in einer Sauce gekochtes Gemüse und Fleisch abholen. Hat gewisse Ähnlichkeit mit dem Feuertopf, auch wenns zum Glück nicht ganz so scharf ist.

Chinareise: 14. Tag

Friday, September 26. 2008
Besuche zusammen mit Jungtao und Luo den Himmelstempel (Tian Tan). Im Tempel findet auch ein Staatsempfang statt, viel Polizei und Sicherheitsleute bewachen das Gelänge und wir müßen warten bis der Besuch vorbei ist. Ernst dann können wir hineingehen. Abends gehen wir noch in das Einkaufszentrum Hong Qiao Pearl Market, wo es wirklich alles mögliche gibt, aber auch ziemlich viel Ramsch. Ich kaufe Tee ein und einen Buddha. Wir machen uns auf den Weg zum Campus und mir fällt auf, dass auch Jungtao und Luo nach dem richtigen Bus fragen müßen. Ich passe diesmal mehr auf um die richtige Haltestelle zu erwischen, aber der Name wird nicht auf dem Display angezeigt, sondern nur durchgesagt. Tja, keine Chance ohne etwas mehr chinesisch zu können...